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OpGen全基因组图谱技术助力完成无油樟基因组项目

放大字体  缩小字体 发布日期:2013-12-24  浏览次数:11
公司介绍:上海吉泰远成生物科技有限公司
开乳白色小花的无油樟(Amborella trichopoda),是与地球上第一批开花植物亲缘最近的灌木。它自成一目、一科、一属,只发现生长在南太平洋新喀里多尼亚的主岛,是已知被子植物中最早分化出来的一支。这一发生在一亿六千万年前的进化大爆炸,被达尔文称为“恼人之谜”(abominable mystery)。
 
日前,由美国弗罗里达大学等科研机构共同完成的“无油樟基因组”研究计划,成功的绘制出了无油樟的完整基因组图谱,首次解释了被子植物在基因上与其他植物的区别,这或许可以解开“恼人”的被子植物起源之谜。这一项目的成果以三篇文章的形式,发表在12月19日的《Science》杂志上。
 
在该项研究中,研究人员首先利用罗氏454、Illumina对无油樟进行了基因组测序。接下来为了尽可能高的提升序列拼接质量,以及最大限度的减少缺口,研究人员采用了OpGen公司的全基因组图谱技术(Whole Genome Mapping, WGM)来进行测序序列拼接。借助OpGen的Genome-Builder™组件,DNA单分子酶切图谱被结合到测序得到的骨架上,从而拼接出更大的超级骨架,最终将基因组Scaffold N50和N90分别提高了2倍和2.4倍,最大的骨架达到23Mb。而且,OpGen全基因组图谱的拼接结果得到了FISH以及454 paired-end数据的验证。此外,研究人员还对无油樟进行了全基因组图谱的de novo拼接,并利用de novo拼接结果对NGS测序拼接结果来进行校正。
 
更为重要的是,该研究还将OpGen全基因组图谱技术的拼接数据与BAC-end sequence的拼接数据进行了比较。结果显示,无论是N50、N90还是骨架数量,OpGen全基因组图谱技术都要优于后者。文章中指出:“这些结果显示,OpGen的GenomeBuilder™完全能够取代BAC-end sequence的拼接方法。”“本研究所展示的与全基因组图谱技术相结合的序列拼接策略,被证明是一种成功的基因组研究策略,即使是面对比无油樟具有更加复杂重复结构的基因组也完全能够胜任。”
 
这是OpGen的全基因组图谱技术又一次在顶级期刊上证明其在基因组研究中的价值。此前,利用这项技术完成的山羊、绦虫、梅花、灵芝等基因组研究就发表在《Nature》及其子刊上。而OpGen的全基因组图谱技术在这些实际案例中的成功应用,也证明了它无可比拟的成熟性与稳定性。
 
关于OpGen全基因组图谱技术 
 
OpGen全基因组图谱技术,利用全自动、高通量的方法,能够对DNA单分子进行限制性内切酶图谱分析,并将DNA单分子图谱组装成染色体水平甚至基因组水平的图谱,即全基因组图谱。目前,OpGen全基因组图谱技术被广泛用于基因组序列拼接、比较基因组学、微生物菌株分型等研究领域。其成功应用物种已超过300种,发表文献超过120篇,包括《Lancet》、《Nature》、《Science》、《PNAS》等顶级期刊。
 
关于上海吉泰远成生物科技有限公司
 
自2010年起,上海吉泰远成生物科技有限公司成为OpGen公司中国区独家代理商,全线代理OpGen的Argus™基因组光学图谱系统。上海吉泰远成生物科技有限公司是一家专注于生命科学和生物技术领域的高科技企业,是国内代理销售生物试剂、仪器并自主研发生产的知名公司。目前公司已建立起全国性销售、信息、物流网络,总部设在上海。
 
 
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