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罗氏NimbleGen与Kapa Biosystems合作推出序列捕获实验建库试剂盒

放大字体  缩小字体 发布日期:2014-01-21  浏览次数:10
公司介绍:罗氏诊断产品(上海)有限公司

    罗氏与Kapa Biosystems公司合作升级NimbleGen现有的二代测序目标序列捕获方案,Kapa Biosystems公司将为罗氏NimbleGen定制二代测序建库试剂盒,搭配NimbleGen的各款序列捕获产品使用。该款试剂盒将有罗氏NimbleGen负责销售,该产品已经在国内上市。

通过这次与Kapa的合作,客户将可以从罗氏NimbleGen购买到捕获测序上机前的所有实验用的试剂,换而言之,即NimbleGen提供包括二代测序文库构建试剂、目标区域捕获探针、杂交洗脱试剂等等各实验步骤的试剂。捕获实验操作方法、流程也再次进行了测试和优化,更新标准实验操作手册1。内部测试数据表明新试剂盒可以用于低起始量样品建库后进行目标区域捕获,包括可用于福尔马林包被(FFPE)的样品外显子组或其他捕获测序,相关技术文献可从NimbleGen官方网页下载2。除可用于低起始量的样本建库外,此次推出的建库试剂盒,相比其他同类实验,可以减少建库的GC偏好,保证更好的文库多样性,从而提高探针捕获后的富集效果。

图1:不同起始量样本进行SeqCap EZ Exome v3捕获测序的结果(每个样本以随机抽取75M条测序数据位标准)。可见即使低至10 ng起始量,在目标区域的覆盖度上都是相当的。

图2:此次推出的建库试剂盒可以提高测序结果的均一度。图中横坐标显示了捕获目标区域上GC含量,纵坐标表示该GC含量的目标区段的测序深度。蓝色为此次推出试剂盒的实验结果,相比红色用其他方法进行实验的结果,可以看到此次推出的建库试剂在AT富集和GC 富集区域的测序深度都有提高。

 

对于此次合作,罗氏NimbleGen公司总裁Rebecca Selzer表示:” 罗氏NimbleGen不但一直追求技术上的创新,我们也不断努力为客户带来更便捷的体验。这次通过我们两家公司的合作,整合优秀的产品,将为我们的客户带来更完整、更高效的实验体验。” Kapa Biosystems公司的创始人及首席技术官John Foskett也表示:”与罗氏NimbleGen的合作,整合两个具有互补性的产品,提供优异的定向捕获富集方案,可对更多种类、不同样本量的样本实现高质量测序。我们将致力于持续提高产品,提供更多测序解决方案。

 

除新的建库试剂盒外,罗氏NimbleGen也推出了一些新的试剂,包括新版的扩增试剂、大豆、玉米、大麦、小麦等外显子组捕获探针等。更多产品相关信息请浏览罗氏NimbleGen官方网页www.nimblegen.com。

NIMBLEGEN 及 SEQCAP是罗氏注册商标,KAPA是Kapa Biosystems的注册商标,归各自公司所有。

 

1.    Roche NimbleGen. (2013). SeqCap EZ Library SR User’s Guide. RocheNimbleGen Inc., Madison, WI. Retrived from http://www.nimblegen.com/products/lit/06588786001_SeqCapEZLibrarySR_UGuide_v4p2.pdf

 

2.    Raterman, D., Jefferson, K., Wendt, J., Brockman, M., and Burgess, D.(2013). Target enrichment protocol for preparing formalinfixed paraffinembedded (FFPE) tissue samples for next-generation sequencing. Roche NimbleGenInc., Madison, WI. http://www.nimblegen.com/products/lit/07180748001_FFPE_ApplicationNote_12092013.pdf

 

 
 
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