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罗氏序列捕获技术用于电子医疗档案中药物基因组数据的生成

放大字体  缩小字体 发布日期:2014-02-24  浏览次数:8
公司介绍:罗氏诊断产品(上海)有限公司

 

美国梅奥诊所是一所拥有悠久历史的综合医学中心,在美国拥有多家诊所、自己的医学院以及数千名临床专家和科学家。最近美国梅奥诊所在其医学期刊中发表了一篇文献1,介绍正在进行的一个以药物基因信息指导个性用药的项目,该项目也是美国国家健康研究所(NIH)支持的一个个性化用药研究项目(The Right Drug, Right Dose, Right Time-Using Genomic Data to Individualize Treatment Protocol) 的组成部分之一。

 

 

在这个项目中,梅奥诊所的科研人员首先通过统计学模型,根据年龄、性别、种族和6种慢性病记录,从病人数据库中选出了在三年内有较高可能性会接受斯达汀类药物进行治疗的病人,向这些病人发出邀请。邀请他们自愿参与一组药物基因的变异检测,检测结果将记录在他们的电子医疗档案中,这些基因变异检测的结果可以用于一些药物使用的参考。

 

 

药物研究已结果表明,一些基因变异可以使得不同个体对于药物产生不同反应。相同的药物,可能在不同的个体中引起包括严重副作用、正常作用、完全无效等不同的用药结果,其原因之一在于个体的某些基因基因型的差异。因而,在床旁诊断中包括药物基因检测结果,对于减小副作用、最大化药效、合理选择药物,非常重要。而目前这一实践受到限制的原因在于传统药物基因组检测,一般仅在用药前进行基因检测影响用药的及时性、延误治疗时机;而普通电子医疗记录尚未能包含药物基因检测结果、基因与用药关系的信息,也影响了个性化治疗的开展;另外,对于根据药物基因组检测结果指导用药是否能提高经济效益及临床结果也尚缺乏大样本数据支持。

 

 

表:由the Pharmacogenomics Research Network挑选的利用NimbleGen序列捕获后测序的84个药物基因列表。摘自Bielinski SJ, et al. Mayo Clin Proc. 2014 Jan;89(1):25-33. doi: 10.1016/j.mayocp.2013.10.021.

 

 

此次梅奥诊所的项目完成了1000名病人,共85个药物基因变异的检测,并将这些变异根据现有的基因与药效数据生成临床用药指导信息,记录在病人的医疗电子档案中。这些病人在此后一旦需要进行相关药物治疗,就可以直接参考这些数据选择合适药物和剂量。在基因突变检测中,除CYP2D6基因外,其他药物基因变异检测主要方法是通过定向二代测序方法完成的:首先采集病人血样、提取基因组DNA,再用罗氏NimbleGen序列捕获探针富集样本中84个药物基因的DNA片段,而后进行二代测序。这一方法,可以帮助同步完成数十病人、大量基因的同步测序,时间成本及检测费用都相对较少。此次挑选进行捕获测序的基因包括84个已知与用药相关的基因,由美国药物基因组研究网络(the Pharmacogenomics Research Network 开发,检测结果分别用于临床相关的用药指导和研究用途。基因测序结果进行分析后,根据现有的基因与药物关系信息生成用药指导信息,保存在电子档案中。值得一提的事,其他的测序结果也被保留下来,如在将来获得新的基因变异与用药关系的证据,可以重新对基因结果再次进行分析,并将新的用药指导信息添加到电子档案之中。

研究者认为这个项目的意义可用于评估提前进行药物基因检测及利用电子医疗档案中基因信息指导用药的作用,可能创新出新的利用基因检测结果指导用药的方法。

 

1.     Bielinski SJ, et al. Preemptive Genotyping for Personalized Medicine: Design of the Right Drug, Right Dose, Right Timed Using Genomic Data to Individualize Treatment Protocol. Mayo Clin Proc. 2014 Jan;89(1):25-33. doi: 10.1016/j.mayocp.2013.10.021.

 

 

仅用于生命科学研究,不用于诊断

 

 

罗氏诊断产品(上海)有限公司

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