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祝贺晶能生物客户在《Gastroenterology》上发表肿瘤外显子组文章

放大字体  缩小字体 发布日期:2014-05-28  浏览次数:16

来自复旦大学、上海交通大学的研究人员证实,PTPN3激活突变促进了胆管细胞癌癌细胞增殖和迁移,且与患者的肿瘤复发相关联。这一研究发现发表在近期的发表在国际胃肠病学杂志(Gastroenterology,IF 11.675)上。

来自复旦大学的樊嘉(Jia Fan)教授、何祥火(Xiang–Huo He)和周俭(Jian Zhou)教授是这篇论文的共同通讯作者。樊嘉教授擅长肝脏肿瘤外科诊疗及肝脏移植。何祥火教授的主要研究领域为消化系恶性肿瘤发生于转移分子机理研究。周俭教授主要研究方向为肝癌肝切除或肝移植术后复发转移的防治。

在这篇文章中,研究人员利用这一测序技术对7对ICC肿瘤(肝内胆管细胞癌intrahepatic cholangiocarcinoma,ICC)和周围非肿瘤组织筛查了体细胞变异。基于外显子组测序,他们鉴别出了ICC样本中最频繁改变的一些信号通路,证实其调控了蛋白质磷酸化,并确定了最频繁突变的基因是蛋白酪氨酸磷酸酶(PTPs)编码基因。他们在其中4个ICC外显子组中鉴别出9个编码PTPs的基因发生了突变。随后,他们又在124对ICC和非肿瘤样本中筛查了这些突变。研究显示51.6%的ICCs至少有1个PTP基因发生了体细胞突变;41.1%的有PTPN3突变。他们发现在细胞系中转基因表达PTPN3基因可促进细胞增殖、克隆形成和迁移。

研究人员证实,在ICC样本中频繁检测到的PTPN3L232R和PTPN3L384H是一些功能获得性突变;它们在细胞系中表达进一步促进了细胞增殖、克隆形成和迁移。ICC相关的一些PTPN3变异体改变了磷酸酶活性。具有PTPN3激活突变或高水平PTPN3蛋白的肿瘤患者相比于没有这些特征的患者具有更高的疾病复发率。
 
通过对来自患者的ICC样本进行全外显子组测序,研究人员证实测试的40%肿瘤样本包含PTPN3体细胞突变。并证实了PTPN3激活突变及高水平表达与肿瘤复发相关。从而为胆管细胞癌指出了一个潜在的预后标记物及治疗靶点。

外显子组测序 (Exome sequencing)是近年发展起来的一种利用序列捕获技术将全基因组外显子区域DNA捕捉并富集后进行高通量测序的基因组分析方法。由于外显子组测序只需针对外显子区域的DNA即可(目前由DNA变异引起的疾病估计有85%以上来自于外显子组区域的变异),因此远比进行全基因组序列测序更简便、经济、高效,其目标区域覆盖度也更高,便于变异检测。

目前,外显子组测序已经在米勒综合症、歌舞伎综合症、重型颅脑畸形等孟德尔疾病的研究中得到成功应用。还有其它一些癌症和复杂性疾病也应用外显子组测序观察到高度相关的突变。

文章中的外显子测序实验和数据分析都在晶能生物技术(上海)有限公司完成。

原始出处:

Gao Q1, Zhao YJ2, Wang XY1, Guo WJ3, Gao S4, Wei L3, Shi JY1, Shi GM1, Wang ZC1, Zhang YN3, Shi YH1, Ding J3, Ding ZB1, Ke AW1, Dai Z1, Wu FZ5, Wang H3, Qiu ZP3, Chen ZA3, Zhang ZF3, Qiu SJ1, Zhou J6, He XH7, Fan J8.Activating Mutations in PTPN3 Promote Cholangiocarcinoma Cell Proliferation and Migration and Are Associated With Tumor Recurrence in Patients.Gastroenterology. 2014 May;146(5):1397-407. doi:10.1053/j.gastro.2014.01.062. Epub 2014 Feb 4.

http://www.gastrojournal.org/article/S0016-5085(14)00153-X/abstract?cc=y?cc=y
http://www.genenergy.cn/contents/136/1582.html
 
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